Des traces d’occupation préhistorique ont été relevées, ainsi qu’un oppidum gaulois au sud du Grand Margès et le passage d’une voie romaine.

L’installation du « Castrum de Aquina », au Moyen Âge, succède à l’oppidum gaulois situé au sud du Grand Margès. Une construction forte est mentionnée dès 1021 ; d’abord construit sur le Puy (1 056 m), il est rasé puis rebâti plus bas, à l’actuelle chapelle Saint-Pierre (837 m).

Alors possession de l’abbaye bénédictine Saint-Victor de Marseille (XIe), Aiguines devient seigneurie des Baux, puis des Blacas, des Gauthier et des Sabran.

Le château aurait été construit par les templiers à la demande de l’évêque de Riez au XIIe siècle.

Les frères pontifes ont une maison à Aiguines à la fin du Moyen Âge, pour y entretenir le pont du XIIIe siècle.

Le château est à nouveau reconstruit par Balthazar de Gauthier, seigneur du lieu de 1596 à 1641. Les nouveaux bâtiments construits sous Henri IV s’élèvent sur les substructions d’un édifice plus ancien ayant appartenu aux Blacas. La seigneurie d’Aiguines appartint par la suite aux Clapiers, descendants des Vauvenargues, et le château est aujourd’hui privé.

Dès le XVIe siècle, des artisans, tourneurs de bois, s’installent à Aiguines dont les forêts sont riches en buis.

Peu avant la Révolution française, l’agitation monte. Outre les problèmes fiscaux présents depuis plusieurs années, la récolte de 1788 avait été mauvaise et l’hiver 1788-89 très froid. L’élection des États généraux de 1789 avait été préparée par celles des États de Provence de 1788 et de janvier 1789, ce qui avait contribué à faire ressortir les oppositions politiques de classe et à provoquer une certaine agitation. C’est au moment de la rédaction des cahiers de doléances, fin mars, qu’une vague insurrectionnelle secoue la Provence. Une émeute frumentaire se produit à Aiguines le 30 mars. Elle parvient à contraindre le conseil communautaire sur plusieurs points :

• les terrains communaux seront défrichés et loués
• l’aire ne sera pas affermée
• le conseil portera les demandes de coupes de bois des membres de la communauté.

Dans un premier temps, la réaction consiste dans le rassemblement d’effectifs de la maréchaussée sur place. Puis des poursuites judiciaires sont diligentées, mais les condamnations ne sont pas exécutées, la prise de la Bastille comme les troubles de la Grande peur provoquant, par mesure d’apaisement, une amnistie début août.

C’est ensuite que deux familles créent leurs usines équipées de machines à vapeur dont la principale production est la boule de pétanque cloutée. Le commerce est très florissant jusque dans les années 1920, date de l’apparition de « l’Intégrale », et périclite après la Seconde Guerre mondiale.

Au XIXème siècle, la commune est peuplée de 900 habitants dont la moitié vit dans le village. L’autre partie vit sur le plan de Canjuers pratiquant le pastoralisme et l’élevage de chevaux. Durant cette période, l’activité de tournerie sur bois se développe dans le village. Cette activité perdurera jusqu’à la fin de la seconde guerre mondiale.

Durant la Seconde Guerre mondiale, l’armée italienne passe élever des tas de pierres sur les terrains plats pour empêcher les avions de s’y poser. Les maquis sont actifs et ravitaillés par les fermiers. Deux sections du maquis Vallier défilent le 2 juillet 1944 devant le monument aux morts ; le 17 juillet, les FTP sabotent les ponts sur le Verdon et l’Artuby.

La route des Crêtes ou RD 71 est ouverte en 1950. Les travaux ont duré cinq ans pour développer le tourisme dans le village et les gorges du Verdon.

En 1968, les deux tiers du territoire de la commune — soit 7 500 ha — ont été réquisitionnés par l’armée pour installer le camp militaire de Canjuers, notamment l’ensemble du plan de Canjuers et la montagne de Mocrouis en longeant la RD 19 et la RD 71. Plusieurs hameaux, bastides et fermes ont été abandonnés et plusieurs milliers de brebis ont disparu du Plan par l’arrêt forcé de l’activité des 11 bergeries qui y étaient installées.

En 1973-1974, fut créé le lac de Sainte-Croix. 116 hetares de la commune sont sous les eaux.